苋菜抗逆性强，病虫害较少，主要病害是白锈病，在高温、高湿条件下容易发生，棚室栽培的苋菜一般在3月下旬开始流行发生，主要为害叶片，感病后叶面显黄色病斑，叶背群生白色圆形隆起的孢子堆，呈白点状，病斑为圆形硬块，病叶品质下降，发病后可用25％甲霜灵可湿性粉剂800倍液或者用64％杀毒矾400-500倍液喷雾防治，每5-7天喷1次，连喷2-3次。

主要虫害是蚜虫，一般不发生危害，如有发生用生物农药螨立克2000-4000倍液进行防治。