辣椒主要病害有：猝倒病、立枯病、病毒病、疫病、青枯病、白粉病、炭疽病等。
一、苗期猝倒病
1.发病症状
幼苗茎基部水渍状，病斑发展成黄褐色，幼茎缢缩成为线状，病势发展很快，子叶未调萎，幼苗倒伏死亡；发病由点到面发展迅速，潮湿时病株周围长出一层白色棉絮状菌丝。
2.发病条件
土壤含水量大，空气潮湿，温度30～36℃，或8～9℃，晴天高温潮湿和阴天或寒流侵袭时，低温高湿，因而幼苗易感病。
3.防治方法
避免高温或低温育苗，控制灌水，降低温度，及时放风，调节温湿度，培育壮苗。每平方米用40%五氯硝基苯9～10克加40千克细干土拌匀，出苗后视病株每平方米喷淋72.2%普力克400倍液2～3千克。50%霉多米尔可湿性粉剂500倍液、40%五氯硝基苯悬浮剂500倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液。
二、立枯病
1.发病症状
多发生于育苗中后期和大田幼苗期。幼苗茎基部产生椭圆形暗褐色斑，发病时白天萎蔫晚上恢复，病斑绕茎一周时，茎基部缢缩、干枯，病株死亡，潮湿时茎基部可见浅褐色蛛网状霉。
2.发病条件
高温高湿易诱发此病，播种过密，分苗不及时，通风透光条件差，发病较重。
3.防治方法
每平方米苗床用40%五氯硝基苯40克加50%福美双4克加40千克细干土拌成药土，1/3铺底，2/3播种后盖土。培育壮苗：增强秧苗抗病能力。发病初期选择72.2%普力克水剂加50%福美双可湿性粉剂800倍液喷雾，7～8天喷1次，连喷2～3次。
三、病毒病
1.发病症状
病毒病感染后引起花叶、矮化、落花、落果、坏死等症状，田间常因多种病毒复合侵染而使症状表现复杂，常有以下4种类型。①花叶型：病叶呈现浓绿与淡绿相间的花叶，皱缩。②黄化型：叶片发黄严重时上黄下绿，植株矮化，并明显落叶。③坏死型：包括顶枯，斑驳坏死，或条纹坏死，叶片主脉呈褐色，扩展，后侧枝、主茎及生长点黑色坏死，落花、落叶、落果。④畸形型：心叶叶脉褪绿逐渐变成斑驳，花叶皱缩，以后病叶增厚，叶缘向上卷曲，幼叶狭窄或出现线状叶，植株节间缩短，矮化，枝叶丛生呈丛簇状，病果呈现深绿和浅绿相同的花斑，有疣状突起。
2.发病条件
高温干旱，蚜虫发生严重，重茬、缺水、缺肥，管理粗放，过于密植，通风不畅，植株徒长，加重发病。
3.防治方法
抗病性由强至弱的品种是线椒、板椒、铁皮椒。抗病性强的品种：线椒如红安线椒；板椒如世农大将、红海、亚平1号、2号；铁皮椒如美研1号等。培育株型壮矮的秧苗，早播种，早定植，可使结果盛期避开病毒病高峰。合理密植，促进早封垄。种子用10%磷酸三钠浸泡20～30分钟，后洗净催芽。实行轮作，施足基肥。勤浇水，采收季节注意保水保肥。防蚜用20%康福多10～15毫升/667平方米，2.5%敌杀死3000倍液，50%抗蚜威2500倍液，10%吡虫啉5000倍液。在分苗定植前和花期喷洒0.1%～0.2%硫酸锌，20%病毒A、20%毒克等500倍液喷雾，或用宁南霉素260～400倍，3.95%病毒必克，50%病毒菌克等防治。
四、疫病
1.发病症状
又叫黑脚病，整个生育期内均可发病。可危害辣椒的根、茎、叶、果。幼苗发病，初为缺水状萎蔫，易脱叶，易从病部折断。叶片病斑初呈水渍状，扩展成长形、不规则形或近圆形大斑，病斑黄褐色转黑褐色，易枯缩脱落。病株近地表茎基部出现绕茎一周的黑褐色缢缩斑，叶片由下向上萎蔫，脱叶，枯萎，死亡。果实发病，病斑如水渍状向果面发展，病果灰绿色后变白软腐，有时有深褐色同心轮纹，潮湿天气可产生白色霉层。病果干缩不脱落。
2.发病条件
高温高湿发病严重，重茬地、田间积水及大水漫灌都会加重病害。开花结果以后发病。
3.防治方法
选择土壤基础肥力高、地势平整度好的条田。合理灌水，不上垄，不受淹，低洼处不积水。下雨前不浇水，忌浇水过大和串灌。用25%甲霜灵1000倍液浸种2小时后，用无病新土育苗。发病初期可用50%甲霜灵锰锌或64%杀毒矾600倍液进行灌根、氢氧化钠800～1000倍液淋根和喷洒植株、77%可杀得500倍液，7～10天1次，连防2～3次。
五、青枯病
1.发病症状
该病危害初期使个别枝条的叶片或1片叶片的局部呈现萎蔫后，扩散全株，叶片从下向上变黄褪绿，后变褐枯死，病茎外部症状不明显，纵剖茎部木质部变褐，髓部腐烂空心，横切面保湿后可见乳白色菌脓溢出，有别于黄萎病。
2.发病条件
该病为土传病害，高温多湿的条件下发病严重，田间传播主要靠灌水和雨水。
3.防治方法
主要以预防为主，水早轮作，选用抗病品种，深沟高畦种植。定植后用氢氧化钠800～1000倍液灌根或喷洒植株。发病初期喷或淋200国际单位硫酸链霉素，或用77%可杀得500倍液与硫酸链霉素4000倍液交替灌根，每株250毫升药液，7～10天1次，连用2～3次。
六、白粉病
1.发病症状
主要危害叶片，先从下部老叶发病，叶片正面呈褪绿小黄点，扩大形成黄褐色不规则病斑，病斑中央有坏死斑点，周围有同心轮纹，下部叶片背面形成白粉，叶片黄化，遇风脱落。
2.发病条件
一般湿度52%～75%、温度20～25℃有利于病害发生，靠风传播扩散。
3.防治方法
选用抗病品种。加强栽培管理，与禾本科作物轮作。重病田可喷洒25%粉锈宁2000倍液、70%甲基托布津1000倍液、20%三唑酮乳油2000倍液。
七、炭疽病
1.发病症状
挂果成熟期易发病。主要危害果实和叶片，特别是成熟的果实及老叶，果实被害初为水浸状黄褐色小斑，进而扩展成近圆形或不规则形的凹陷病斑，斑面隆起，密生小黑点组成的同心轮纹，潮湿天气病斑表面溢出淡红色粘稠物；干燥天气病部干缩呈膜质易破裂，其上轮纹明显。叶片感病初为褪绿斑点，逐渐发展成中央灰色或白色边缘、深褐色或铁锈色近圆形或不规则形病斑，叶易干缩脱落。
2.发病条件
温度27℃、相对湿度95%易感染，潜育期只有3天。相对湿度低于54%时，一般不发病。结果盛期，大雨后晴天曝晒引起病害流行。
3.防治方法
选用抗病品种。实行轮作。用50%多菌灵500倍液浸种。初见病时用82%炭疽福美可湿性粉剂500倍液喷雾、50%多菌灵500倍液、70%甲基硫菌灵800倍液、75%百菌清可湿性粉剂800倍液，7～8天喷药1次，连喷2～3次。