保护地西葫芦不同的生育阶段，均有相应的病害发生及危害，根据这一特点，可针对性的防治不同生育阶段发生的不同病害，起到保护地西葫芦病害以防为主综合防治的目的。
1.苗期常见病害
1.1猝倒病 该病发病迅速，有时中午幼苗生长良好，下午幼苗倒地死亡，湿度大时出现白色霉状物，即菌丝体。
1.2立枯病 幼苗茎基部缢缩，病斑黑褐色，严重时瓜蔓折断，植株枯死。
猝倒病属鞭毛菌亚门引起的真菌性病害，除危害西葫芦外，还危害黄瓜、南瓜等瓜类蔬菜以及茄子、辣椒、番茄等茄果类蔬菜。分生孢子在病残体上越冬。借气流、雨水等传播。立枯病属半知菌亚门引起的真菌性病害，是苗期的主要土传性病害。温度在20℃左右，苗床湿度大、光照差、幼苗密度大病害发生重。
防治措施 ①对于老菜园一定要选用未种植过蔬菜的大田土为育苗土，并且采用营养钵育苗法。这样能够有效的降低苗床湿度，减轻病害的发生以及危害。②苗床土消毒。育苗前应当进行床土消毒，每平方米育苗土加入25%清土WP15～20克或50%地菌虫杀WP10～15克掺均拌匀，过筛后装钵。③发病初期用20%好苗WP500倍液，25%苗菌敌WP400～500倍液喷雾。阴雨天用25%清土WP适量与细沙拌均后，撒施苗床。
2.定植后结瓜前常见的病害
2.1常见的病害
2.1.1病毒病 干旱以及刺吸性害虫危害严重的年份发病重，在西葫芦上常见的病毒病主要有蕨叶病毒病、花叶病毒病。蕨叶病毒病引起上部叶片扭缩，变小变厚，植株生长不良或者停止生长，严重时植株死亡。花叶病毒病主要造成叶片出现黄绿相间的班驳，植株生长不良。
2.1.2茎基腐病 该病已逐渐上升为西葫芦的主要病害之一，如我市北宿镇西故村菜农步得河的冬暖棚西葫芦在2004年受该病危害，植株死亡率达70%以上。发病植株茎基部土皮以上变褐色或黑褐色腐烂，严重时只留维管束，植株青枯死亡。前茬为豆类、瓜类作物的地块该病发生重。
2.1.3软腐病 由于冬暖棚内空气湿度大，该病在这一生育阶段时有发生，如在我市的冬暖棚西葫芦田内在2003年、2004年间发病率为20%左右。该病属于细菌性病害，主要从伤口侵入，造成伤口处湿腐伴有恶臭味。并且极易引起其它真菌性病害发生。前茬为十字花科蔬菜作物的地块该病发生重。
2.1.4银叶病 该病主要引起全部叶片呈银灰色，叶柄颜色白而脆，极易折断。光合作用降低。2002年该病在寿光大面积的发生，减产30%以上。有相关报道认为该病主要是由于烟飞虱为害引起的，烟飞虱为害严重的年份发病重。但是从我市西葫芦银叶病发生危害症状发现，该病在结果期发生，果实出现畸形，并且生长缓慢。 银叶病可能是由弱病毒引起的病毒性病害。
2.2综合防治技术
2.2.1蚜虫与白粉虱等刺吸式口器的虫害 是传播病毒的主要媒介，及时消灭刺吸式口器的害虫，是防治病毒病大面积发生的主要技术措施。常用药剂是2%高粘阿维EC2000～2500倍液，50%得力克WP500～600倍液等高效低毒杀虫剂喷雾防治。发病初期用10万单位的捷毒康水剂800～1000倍液，每喷雾器水加入阿司匹林片5片、豆汁750克、米醋150克混合喷雾。也可用1.5%植病灵乳剂1000倍液喷雾防治，一般3天1遍连喷3遍，兼防银叶病。
2.2.2茎基腐病 是由半知菌亚门引起的真菌性病害，防治常用药剂25%清土 WP800倍液或70%甲基托布津WP1000～1200倍液灌根，也可在茎的基部施用药面进行防治。药面的配方：每1.0千克玉米面加入25%清土WP15～20克或50%地菌虫杀WP10～15克，把病部埋上。
2.2.3软腐病 防治该病常用药剂为77%可杀得可湿性微粒粉剂400倍液，50%毕菌手WP500倍液交替喷雾，发病严重时2天1遍。也可采取施用药面的方法进行防治，药面的配制：每千克玉米面加入50%毕菌手WP8～10克或72%细菌角斑净WP10～15克，撒在病部。有真菌性病害并发的植株，在药面中加入70%甲基托布津WP8～10克。
3.西葫芦生育期常见的病害以及综合防治措施
3.1西葫芦生育期常见的病害
3.1.1黑星病 近几年随着保护地瓜类作物的种植，黑星病已成为西葫芦的主要病害。该病除危害叶、茎，还危害果实。幼叶初现水渍状污点，后扩大为褐色或黑褐色，易穿孔。茎上出现椭圆形或纵长凹陷黑斑，中部易龟裂。幼果受害初生暗绿凹陷斑，后发育受阻呈畸形果，果实病斑呈疮痂状，有的龟裂或烂成孔洞，病部分泌出半透明胶质物，后变成琥珀色块状。湿度大时，上述各病部表面密生煤色霉层。
该病菌与引起黄瓜黑星病的病菌都属于瓜疮痂枝孢霉，属半知菌亚门真菌。病菌发育生长温度为2～35℃，适温为20～22℃，因此保护地西葫芦在每年的10～11月份以及翌年的2～4月份发病最重。
3.1.2枯萎病与急性枯萎病 枯萎病实生苗发病重，嫁接苗每年也有5%的发病，症状与黄瓜基本相似，进入结瓜期开始表现植株一侧或基部叶片边缘变黄，随植株的生长，变黄的叶片逐渐增多，严重时，整株叶片变黄，以致植株枯死。纵剖病茎维管束变为黄褐色。病原称尖镰孢菌黄瓜专化型，属半知菌亚门真菌，连作、土壤质地黏重、有机肥不腐熟是引起该病发生的主要条件。
急性枯萎病，主要在嫁接苗上发生与危害，进入结瓜期开始表现，植株中萎蔫，早晚恢复，反复数日整个植株死亡，剖开茎，维管束不变色。该病属于生理性病害，引起该病发生的原因是：嫁接时砧木与接穗的亲和力较差或者嫁接刀口吻合不完全，造成维管束对养分与水分的供应的缺失，不能满足植株的需求，致使植株萎蔫死亡。
3.1.3灰霉病 每年的12月份至翌年的1～3月份，保护地内气温低，该病发生频繁危害严重，病菌侵染从生命力降低或者死去生命力的花开始，进而危害幼果，幼果的蒂部初为水浸状，逐渐软化，表面密生灰绿色霉，致果实萎缩、腐烂，严重时幼果呈灰鼠状。
病原称灰葡萄孢，属半知菌门真菌，危害适温为18～23℃，棚温31℃时孢子萌发速度趋缓，产孢量下降，病情不扩展。因此该病属于低温型病害。
3.1.4白粉病 西葫芦生长后期该病大面积的发生，生长弱的植株在生长发育中期也可发病，发病初期叶面与叶背产生白色近圆形星状小粉斑，以叶面居多，后向四周扩展成边缘不明显的连片白粉，严重时整叶布满白粉，发病后期病叶黄枯。
病原称瓜类单丝壳菌，属子囊菌亚门真菌，该菌只在活体寄主上存活，高温干旱或者高温高湿交替出现，该病很容易发生与流行。
3.1.5叶缩病 该病是近几年常见的病害之一，上部叶片叶缘向上皱缩，叶片颜色深绿而厚，严重时叶缘变白色干枯。
该病属于生理性病害，调查发现前茬为西红柿的地块该病发生严重，是土壤缺钙引起的。与黑星病最大的区别，黑星病叶缘呈现鲜黄色，后期叶片有星状孔洞，叶缩病叶片不穿孔。
3.2综合防治措施
3.2.1选用抗病品种 目前综合抗性较好的品种有高寒、赛纳、法国冬玉等。
3.2.2种子消毒采用温汤或药剂浸种的方法进行种子消毒。用55～60℃温水浸种15～20分钟，或用800～1000倍高锰酸钾溶液浸种20分钟，然后冲净再催芽。不仅起到杀灭真菌的良好效果，而且对病毒、细菌有良好的防效。
3.2.3加强管理 施用腐熟的有机肥，对于老菜地在满足氮肥需求的前提下，应当增加磷肥、钾肥、微肥的用量，实行平衡施肥。保护地西葫芦最好采用嫁接的方法种植，选用亲和力强的品种作砧木。试验证明黑籽南瓜比白籽南瓜亲和力强，后期植株生长势也强，白籽南瓜虽然亲和力也较强，但后期植株生长势弱。嫁接时，切口应当呈45度的角。覆盖地膜起垄栽培，有条件的地方定植行与操作行均用地膜覆盖，采用膜下灌水或膜下滴灌的节水措施，这样能够有效的降低田间湿度，减轻病害的发生。合理的浇水措施，浇水时间应选在晴稳天气的中午进行，浇水前必须喷一遍内吸性杀菌剂。每天保证一定的放风、排湿时间，即使阴天也应当在中午小放风，放风时间的长短依据棚内温度而定，一般为0.5小时为宜，这样能够减少叶片结露，抑制病菌的萌发与侵入。
3.2.4药剂防治 防治黑星病常用药剂为50%加纳金WP500～600倍液，80%世高WP2000倍液，70%甲基托布津 WP1500～2000倍液，2%加收米水剂300～400倍液交替喷雾，发病初期3天1次，连喷3次。防治枯萎病常用药剂为80%乙蒜素水剂1500～2000倍液，25%清土WP750～1000倍液，50%地菌虫杀WP600～800倍液，高锰酸钾800～1200倍液交替灌根。
灰霉病的防治在点花时加入25%立佳欣WP1000倍液，或用50%多霉威 WP500～800倍液，25%高露达水剂400～600倍液，50%嘧霉胺WP800～1000倍液喷雾，3天1次，连喷3次。
白粉病的药剂防治：在植株生长后期应当有针对性的防治，常用药剂为50%加纳金WP500～800倍液，70%甲基托布津WP800～1000倍液，50%多菌灵WP500倍液交替喷雾。
叶缩病的防治：增施12%过磷酸钙作基肥，一般每667平方米的保护地施用量为150千克，进入结瓜后，病虫害防治的同时，加入99.6%高能钙800～1000倍液混合喷雾。