一般秋分前后，在果实呈绿色但种子已成实时，即可采摘(采摘过早，果实不熟，糖分少；过晚水分大，难干燥)。连果柄剪下，阴干(加工过程中轻拿轻放，勿伤果皮。采摘及时的瓜蒌需2～3月干燥，为仁瓜蒌，较晚采摘者需3～4月干燥，为糖瓜蒌)。

栽植3年后，于霜降前后采挖雄株天花粉，而雌株则待瓜萎采收后采挖。将刨出的块根去泥沙及芦头、粗皮，切成10厘米左右的短节或纵剖2-3瓣，晒干，即成天花粉。